Выдвигались версии о метеорите (самая распространённая), детонации нескольких шаровых молний, взрыве аэролита, необычном землетрясении, извержении палеовулкана.

Была предложена гипотеза о том, что Тунгусский метеорит представлял собой микроскопическую черную дыру, которая, войдя в Землю в Тунгусской тайге, пронзила ее насквозь и вышла из Земли в Атлантическом океане. Однако явления, которые должны были бы произойти при таком событии (не говоря уже о возможности существования черных дыр малой массы) - синее свечение, вытянутая форма вывала леса, отсутствие потери массы и другие, противоречат фактам, наблюдавшимся при Тунгусском падении. Согласно одной из гипотез, Тунгусский метеорит состоял из "антивещества". Взрыв, наблюдавшийся при падении Тунгусского метеорита, - результат взаимодействия "вещества" Земли с "антивеществом" метеорита, которое сопровождается выделением огромного количества энергии. 

Отмеченные очевидцами неправдоподобная тишина и изменение окраски окружающего мира - физики-теоретики в состоянии объяснить это только нарушениями нормального течения времени, которые могут возникнуть в результате работы источников антигравитации. Об изменении цвета окружающих предметов вплоть до полной черноты в ясный день не раз рассказывали очевидцы, наблюдавшие НЛО, а те, кто встречался с ними по ночам, говорили, что все вокруг объекта сияло серебристым светом, напоминающим ртуть. Более того, при сопоставлении описаний очевидцев складывается впечатление, что в небе над Подкаменной Тунгуской встретились или столкнулись два, а может быть, и больше объектов.

Но эта гипотеза не стала сенсацией, а вот предположение Александра Петровича Казанцева о том, что в 1908 г. в атмосферу Земли вторгся терпящий бедствие межпланетный корабль с ядерным двигателем, который сознательно направился в сторону безлюдного пространства и там закончил полет, буквально взорвало научную общественность. Казанцев высказал свою теорию в 1946 г., еще до появления сообщений о встречах с инопланетянами. Большинство учёных не верили в то, что устройство, созданное в высокоцивилизованном обществе, может выйти из строя, однако гипотезу Казанцева поддержал профессор Алексей Золотов, а академик и генеральный конструктор первых спутников Земли и космических ракет Сергей Павлович Королев в 1960 г. организовал экспедицию к месту тунгусской катастрофы, надеясь найти фрагменты взорвавшегося корабля пришельцев и исследовать их.

Согласно накопленной информации и данным одной из самых результативных экспедиций на Подкаменную Тунгуску, состоявшейся летом 1996 г., картина катастрофы могла быть следующей. В 7 часов утра 30 июня 1908 г. в атмосферу Земли ворвался большой объект, по описанию напоминающий гигантские НЛО, который, судя по оглушительному грохоту, терпел аварию. По пути он сделал несколько замеченных очевидцами зигзагов, а на высоте около 5 км примерно над Южным болотом остановился, видимо решив не садиться на землю. Зависнув, объект стал выполнять медленный разворот в пространстве на 90° и во времени на 180°. В месте проведения маневра образовался сгусток электромагнитной энергии невиданной мощности, что выразилось в целом дожде невероятно сильных, попадавших в землю и деревья молний.

При прохождении объектом нулевой точки на оси времени так же, как при преодолении самолетом звукового барьера, произошел сильный взрыв, соответствующий мгновенному выделению полной мощности двигателями неведомого корабля. Ударная волна повалила деревья, электрические разряды подожгли тайгу, вызвавшее их поле стало причиной перемагничивания пород, образования радиоактивных изотопов, шариков спекшегося вещества, мутаций растений и животных и всех остальных труднообъяснимых последствий.

Косвенно гипотезу о крушении пилотируемого внеземного корабля подтверждает то, что в 1909 году – через год после падения Тунгусского метеорита, – случился настоящий шквал сообщений о полетах неизвестных объектов в разных частях света. Тогда только над Англией было отмечено 43 таких объекта. В мае 1909 года жители города Эссекс (Англия) наблюдали в течение нескольких минут полет длинного темного торпедообразного объекта, испустившего в сторону земли два ярких луча. 

Были сообщения и из США, и из Новой Зеландии, об объектах, испускавших яркие лучи. Например, также в мае экипаж судна «Святой Олаф» наблюдал огромный объект с пятью прожекторами, похожий на дирижабль. Объект завис над «Святым Олафом», затем направился к другому судну и осветил его.

В июле в Саратове наблюдали круглый светящийся объект, летевший над Волгой вверх по течению. 

В декабре 1909 года над городом Уорчестером в штате Массачусетс (США) дважды появлялся странный воздушный корабль, освещавший окрестности мощным прожектором. Такое же зрелище наблюдали в следующую ночь тысячи жителей Бостона и Вилимонтике.

Не правда ли, напоминает действия следственной комиссии, члены которой пытаются понять причины случившейся аварии, определить её последствия и, возможно, найти выживших пострадавших…