Например, одна и та же черта у организмов может появляться в результате совершенно разных эволюционных преобразований. Скажем, и змеи, и китообразные в ходе эволюции утрачивали конечности, змеи — обе пары, киты и дельфины — только задние. При этом утрата конечностей происходила у них независимо друг от друга и уже после расхождения от общего предка. Эмбрионально-генетические исследования показали, что у змей передние конечности исчезли вслед за шеей, для них просто исчезло место, где они могли появиться. Во время развития змеиного зародыша даже зачатков передних конечностей не появляется. В то же время и у китов, и у змей при индивидуальном развитии появляются зачатки задних конечностей, но потом гены, от которых зависит их рост, выключаются.

С одной стороны, это говорит о том, что серьёзные морфологические перестройки у разных групп животных могут возникать из-за перемен в работе не слишком уж большого числа одних и тех же генов. С другой стороны, одна и та же черта даже в пределах одной группы животных при внешней эволюционной «одинаковости» — утрата передних и задних конечностей — может появляться в результате функционирования совершенно разных молекулярных механизмов. То есть эмбриологические данные используются для проверки сугубо палеонтологических гипотез о сходстве путей развития организмов, о скорости их эволюции и т. д.

Более того, можно даже проводить эмбриологические эксперименты для подтверждения тех или иных смелых эволюционных догадок. Например, генетическая модификация зародыша может вызвать такие морфологические изменения, которые наблюдаются у ископаемых останков, отделённых от нас миллионами лет. Есть, например, известный зоолого-палеонтологический парадокс, согласно которому ближайшими родичами слонов являются грызуны. И это, как оказалось, можно подтвердить эмбриологическими экспериментами: активация определённых генов у зародыша мыши приводит к гипертрофированному развитию зубов. То же самое происходило и со слонами в течение миллионов лет эволюции: их предки начинали с обычных, ничем не выдающихся зубов, ну а как сейчас у слонов обстоят дела с зубами, известно всем.

Авторы выражают уверенность в том, что эмбриология и дальше будет помогать эволюционистам заполнять белые места в истории жизни на Земле, однако признают, что палеонтология пока что больше выигрывает от такого сотрудничества.